1999年以前，澳门代表葡萄牙的属地，参与国际赛事。葡萄牙将澳门的主权交给中华人民共和国后，澳门为中华人民共和国的一个特别行政区，而其足球代表队为根据《澳门基本法》和“一国两制”下，准许拥有独立的体育代表队。
在由澳门体育局及澳门体育周报合办的“2017澳门杰出运动员”选举中，2016年勇夺“首届亚足联团结杯”亚军的澳门足球代表队，首度获得“杰出运动组合”奖项。[3]
2019年出赛风波
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2019年6月8日，澳门足总宣布基于安全理由，拒绝派队赴斯里兰卡出战2022年世界杯亚洲区外围赛首圈次回合。然而，此举却惹来球员反对，四十八名各级球员联署表明，若最终未能参赛，将不再代表澳门。[4]
6月8日，3名澳门足球代表队球员林毅东、张海山、何文辉联同前代表队球员梁嘉恒及议员苏嘉豪召开记者会，促请足总允许球队赴赛。林毅东强调，球队24名球员上下一心，为梦想十分渴望出席次回合比赛；他不讳言表示，球员愿意签署文件，证明即使有生命危险或财政上的损失，也愿意赴赛。出席的代表队球员均表示，若足总真的放弃此次机会，他们对未来澳门足球发展也感到绝望，将退出代表队[5]。
澳门代表队队长艾美达在6月12日以个人名义，致函国际足联及亚洲足协，表达球队对出赛的渴望，并要求两机构代澳门队安排世界杯亚洲区外围赛预赛次回合赛事重赛，期望事件能有转机。[6]
国际足联在6月27日公布处分，澳门队除被判与斯里兰卡的赛事输0：3之外，同时亦遭罚款1万瑞士法郎[7]。 社会文化司司长谭俊荣表示，在7月1日收到体育局呈交澳门足总有关基于安全理由，不派代表队到斯里兰卡参与世界杯外围赛的报告。体育局分析了事件，尊重澳门足总的决定；至于国际足联对澳门足总的罚款，因为相关支出并不属于受资助范围，故由足总自行负责[8]。
疫情过后
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2023年3月26日，经过长达三年的间隔，澳门足球代表队终于再次回到主场迎战新加坡足球代表队；这场比赛，标志着自COVID-19疫情爆发以来，首次与外队展开比赛[9]。